主人公はエクスペンダブルズとして、人体実験や危険な任務に使われる。 ある時、探索任務でエイリアンに襲われて、仲間に見捨てられる。 エイリアンは実は敵意はなく、助けられるが、主人公は死んだものとしてすでにコピーがされていた。 2人になった主人公は、エイリアンを助けるべく、ボスに立ち向かう。